Si esto es causa de un virus que deshabilita los archivos ocultos ya me paso, este es el procedimiento.
Entras al regedit
buscas la clave HKLM\\SOFTWARE\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\Explorer\\Advanced\\Folder\\Hidden\\NOHIDDEN.
Te fijas si CheckedValue y DefaultValue de la parte derecha contengan sendos 2. Estos valores deben ser de tipo DWORD. Si fueran de tipo alfanumérico (REG_SZ), selecciónelos, haga clic sobre Edición, Eliminar, Sí y créelos de nuevo (Edición, Nuevo, Valor DWORD).
3. Acceda a la clave HKLM\\SOFTWARE\\Microsoft\\Windows\\CurrentVersion\\Explorer\\Advanced\\Folder\\Hidden\\SHOWALL.
4. Verifique que el valor CheckedValue contenga un 1 y que DefaultValue contenga un 2. Modifíquelos si fuese necesario. Sus tipos deben ser también DWORD.
5. Haga clic sobre Archivo, Salir.
Nota: HKLM representa HKEY_LOCAL_MACHINE.
Fuente: http://www.configurarequipos.com/tema2433985-8-0.html