Hey!  En que SO quieres hacerlo; porque en cada uno son archivos diferentes los que se remplazan. En XP dificilmente tienen problemas y vaya que hay algunos muy complejos y aún así fallan, en Vista es mas complicado, y puedes dejar inservible tu SO. El Linux nunca he intentado cambiarlo porque pienso que el simple cambio de SO es suficiente como para buscarle otra apariencia y en Mac me sucede lo mismo.

      Pero sobre todo antes de intentarlo haz un buen respaldo, por si halgo sale mal. Aunque yo te recomendaría que comiences con cambios pequeños, como el Bootscreen, despues el LogOn, y así sucesivamente hasta que quede como a ti te lata. No olvides dejarla un par de días con cada cambio para evitar sorpresas. Date una vualta por stardock.com, que tienen varios programitas gratuitos y bastante vistosos.