tiene que ver con el formato que implementas , por ejemplo si tienes videos en formato de cine (16:9) , y lo conviertes a formato (4:3) es claro que los bordes saldran cortados .
al reves , si tu video esta en formato (4:3 ) y lo conviertes a formato panoramico (16:9) , tendras un video recortado por encima y debajo .
consejo , en las opciones del programa debe haber un apartado donde tu determinas el formato de salida , haz que el mismo coincida con el video que vas a grabar , y listo , podras ver el video en la television tal cual lo tenias , y ahi con las opciones del dvd cambiar la proporcion a modo que puedas ver cual te conviene.
podrias usar otro tipo de programas opensource , o freeware , comerciales tiene mucho que no ocupo , y en ubuntu convierto con el centro multimedia . saludos