Depende como lo tengas configurado:
Synchronize. Mantiene sincronizadas las dos carpetas
Echo. Actualiza los ficheros (nuevos y modificados, y renombra adecuadamente) desde la izquierda a la derecha, pero no al revés.
Subscribe. Si actualizamos ficheros en la carpeta de la derecha, se copian a la izquierda.
Contribuye, se copian los ficheros nuevos, actualizados y renombrados de izquierda a derecha. No se borra nada en la carpeta de la derecha, por lo que se mantienen los antiguos.
Combine, como la primera, pero no borra los ficheros renombrados ni renombra los nuevos.