Hey carnal! Jamas he tenido ningún problema con el CCleaner, pero no dudo qu te haya dado problemas, sobre todo si ya estas predeterminado a que si instalas Windows, algo… tiene que salir mal, me pasa todos los días, creeme; pero definitivamente nunca he tenido problemas con él, y eso que selecciono todas las opciones para borrar, incluso nunca he hecho back-up del registro al usar éste.
Pero si que tuve en una ocación tu mismo problema, encontré la solución entrando a la consola de recuperación y reinstalando el MBR, pero ni así. Entonces me dí cuenta que el conector IDE de la placa tenía problemas, pero sólo al encender, por algún motivo no reconocía el HD de vez en cuando (extraño) y al colocar el HD y el DVD el el segundo slot como master y esclavo, se solucionó. Tambien podría ser algún problema en el HD, por mas que le paso el HDregenarator, me lo reconoce como-en perfecto estado- pero cuando está en uso hace un escandalo del carajo, como si se fuera a desarmar, jeje.
De todos modos aquí te dejo un par de ligas, por si te ayudan a solucionar tu problema brother:
http://support.microsoft.com/kb/320397/es
http://www.trucoswindows.net/foro/topico-34354-error-ntldr.html
Saludos y cuidese carnal; por cierto si no te ayudan, comentalo y buscamos otra solución.