Como anexo al comentario de jsaldanar, les comento mi experiencia con iTunes ya que tengo 1 iPod classic 80GB y 2 iPod Touch, 8 y 16 GB.

Hay 2 formas para almacenar tu música en iTunes:
1. En la carpeta iTunes (Menú Edición/preferencias/avanzado)
2. En cualquier otra carpeta.

Hay una opción en (Menú Edición/preferencias/avanzado) que permite copiar cualquier carpeta a la carpeta iTunes y organizarla conforme a las preferencias si esá activada (Copiar en la carpeta iTunes Media los archivos agregados a la biblioteca). Si no está habilitada esta opción, al agregar una carpeta sólo se agregan los archivos lógicamente, de lo contrario se crean copias, en iTunes Media y en la ubicación original.

1. Entonces, respaldar tus carpetas de audio y tu carpeta de iTunes (checar preferencias/avanzado).

2. Sincronizar tus iPods completamente y verificar que no existan errores.

3. Si compraste música y habilitaste tu computadora, debes desautorizarla en Tienda o Store/Retirar la autorización de acceso a la computadora. Exportar biblioteca en Archivo/Biblioteca/Exportar la biblioteca (en XML) a una carpeta adonde se respaldó la música.

4. Respaldar cualquier otra información.

5. Formatear, reinstalar, etc.

6. Instalar iTunes en nueva instalación.

7. Autorizar computadora en Tienda o Store/Autorizar computadora.

8. Sincronizar iPod, seleccionar opción transferir todas las compras.

9. Restaurar carpetas de audio y iTunes a carpeta deseada. Agregar esta carpeta a iTunes Media o cambiar ubicación de iTunes media adonde se restauró el audio.

10. Restaurar biblioteca de archivo XML.

De esta manera no perderás ningún dato.

Saludos y espero les sea útil esta información.

Saludos,
Rodolfo OP.

Solamente como comentario:

Lo que yo haría antes de formatear mi PC, para el caso de aplicaciones del iTunes es:

1.- Sincronizar mi iPod / iPhone (con esto se creará un backup del contenido del iPod/iPhone)

2.- ir a la ruta: C:\Documents and Settings\<>\Application Data\Apple Computer\MobileSync\Backup

En esta ruta copio todas las carpetas a una ubicación donde respaldare toda mi información del equipo (En esta carpeta del punto 2 se encuentran los respaldo de mi dispositivo)

3.- Para el caso de las aplicaciones, éstas podrán ser localizadas en la carpeta del iTunes(donde se encuentra toda la musica y nuestra librería, en mi caso es C:\Documents and Settings\<>\My Documents\My Music\iTunes) La carpeta de las aplicaciones, al menos para el iPhone se llama “Mobile Applications”.

En esta carpeta podremos encontrar todas nuestros ficheros con extensión “.ipa”

Después de formatear, restauramos todas las ipas y backups copiados y con eso no deberías de tener problema. Si alguna ipa no se ve en el iTunes, solamente será necesario darle doble click y el iTunes deberá reconocerla y crear una copia en el folder de “Mobile Applications”.

Lo anterior es lo que yo haría ÚNICAMENTE para copiar mis respaldos del dispositivo iPhone/iPod y mis aplicaciones.

Espero les sea de utilidad este minitutorial.

Saludos
@jsaldanar